Preparemos todo para el proyecto

Reglas del juego

  • En este tutorial haremos el ejemplo corriendo la muestra de 48 hrs.

  • Se formaran 6 equipos (2 de los tiempos 0, 9 y 24 hrs).

  • Los equipos discutirán y presentarán sus resultados cuando se indique en el tutorial.

Espacio de trabajo

  1. Entra a tu cuenta en el servidor y sitúate en tu $HOME

  2. Obten los datos y la estructura de tu directorio del proyecto corriendo lo siguiente:

# ve al $HOME
cd
# copia los directorios de trabajo
# descarga
wget https://zenodo.org/records/13911654/files/taller_metagenomica_pozol.tar.gz?download=1 -O taller_metagenomica_pozol.tar.gz
# descomprime
tar -xvzf taller_metagenomica_pozol.tar.gz
  1. Entra al directorio del proyecto
cd taller_metagenomica_pozol
Directorio de trabajo

Si en algún momento te pierdes entre directorios, puedes regresar al espacio principal asi:

cd && cd taller_metagenomica_pozol/

La presente práctica sólo es una representación del flujo de trabajo para el análisis metagenómico, sin embargo, no sustituye los manuales de cada programa y el flujo puede variar dependiendo del tipo de datos y pregunta de investigación, de hecho para fines del taller, con frecuencia se utilizan las lineas de comando más simples para eficientar tiempo y recursos, tómalo en cuenta.

Cada programa tiene una ayuda y un manual de usuario, es importante revisarlo y conocer cada parámetro que se ejecute. En terminal se puede consultar el manual con el comando man y también se puede consultar la ayuda con -h o --help, por ejemplo fastqc -h.

Important

🧠 Para tenerlo presente

En bioinformática cualquier línea de comandos generará un resultado, de ahí a que esos resultados sean correctos puede haber una gran diferencia.

En cada paso detente a revisar la información de cada programa, lee el manual, visita foros de ayuda y selecciona los argumentos que se ajusten a las necesidades de tus datos.