El pozol es un alimento ácido, fermentado a partir de maíz nixtamalizado, de importancia económica y cultural, se consume desde tiempos prehispánicos y se ha estudiado desde los años 50s.
Algunos puntos importantes que conocemos son:
No se inocula y al final de su fermentación tiene alta diversidad microbiana.
Es muy nutritivo, tiene un alto contenido de aminoácidos esenciales.
Es considerado como prebiótico, contiene fibras solubles y microorganismos benéficos para la salud intestinal humana.
🧬🔊🦠 Imaginemos que se quiere impulsar la producción de esta bebida y para ello necesitan saber todo acerca de su naturaleza microbiana.
Una importante industria alimenticia los contacta como expertos en ecología microbiana y les pide ayuda para descubrir los siguientes puntos:
¿Qué actores microbianos están presentes durante el proceso de fermentación?
¿Cómo ocurre la bioconversión del maíz durante la fermentación, quién participa y cómo lo hace? ¿Qué funciones metabólicas están ocurriendo?
¿Cambia la comunidad microbiana a lo largo del proceso?
La empresa secuenció cuatro puntos de fermentación de muestras que se obtuvieron en un mercado de Campeche. Las muestras se secuenciaron con Illumina NextSeq500 con lecturas pareadas de 75 pb. Los datos están públicos bajo el Bioproject: PRJNA648868
Como las muestras contienen maíz, es indispensable remover las lecturas que correspondan al genoma del maíz, no hacerlo producirá un ensamble muy fragmentado, mayoritariamente del maíz y poco microbiano.
El autor del artículo amablemente nos proporcionó sus muestras libres del maíz y el código que usó para ello está disponible en un repositorio público de GitHub.
El artículo: López-Sánchez et al., 2023. Analysing the dynamics of the bacterial community in pozol, a Mexican fermented corn dough. 10.1099/mic.0.001355